Íslenskt erfðamengisviðmið

Guillaume Holley og Hannes Pétur Eggertsson kynna grein þeirra: An Icelandic pangenome reference, sem birtist nýverið í Nature. Viðmiðunarskekkja (reference bias) er vandamál sem hefur áhrif á flestar erfðamengisrannsóknir þar sem stuttum raðlesningum er varpað á viðmiðunarerfðamengi. Hægt er að draga úr henni með því að varpa á margar haplótýpur sem koma fram í safnerfðamengi (pangenome). Hér kynnum við tvær nýjar aðferðir til að takast á við viðmiðunarskekkju: Emblask til að byggja safnerfðamengi og Weaver til að varpa á safnerfðamengi í stórum stíl. Emblask er blandað vinnsluferli fyrir tvíþætta samsetningu með aðgreindum haplótýpum, byggt á bæði löngum og stuttum raðlesningum og ætlað þríeykisgögnum foreldra og afkvæmis. Með Emblask settum við saman 698 íslenskar haplótýpur og bættum þeim við safnerfðamengi Human Pangenome Reference Consortium (HPRC) til að smíða íslenskt viðmiðunar-safnerfðamengi (HPRC-ICE) sem inniheldur 51,41 milljón smábreytileika. Við vörpuðum stuttum raðlesningum 57.630 Íslendinga á HPRC-ICE með Weaver og greindum 98,96 milljónir breytileika, sem er 6,17% aukning miðað við vörpun á línulegt viðmiðunarerfðamengi. Við fundum nýja breytileika á svæðum með lága vörpunarhæfni, þar á meðal meinvaldandi einbasabreytileika (SNP) í GBA1 sem tengist snemmkomnum Parkinsonssjúkdómi og missense-breytileika í CBS sem er meinvaldandi fyrir hómócystínmigu. Við endurtókum tengsl GBA1 í UK Biobank með markvissri endurvörpun 429.193 breskra og írskra þátttakenda.